在盐城集装箱建筑需要特殊的防水防火设计，尤其是防火设计，因为其空间相对较小且密闭，一旦发生火灾，会造成大量的人员伤亡和财产损失。因此，集装箱制造商建立了保护机制，除了安全考虑之外，他们还会注意防水问题。
1、防水卷材。
清理完底座后，在线圈反面和底座上刷上粘合胶，根据弹好的基准线由远及近粘贴、滚涂，然后进行合缝检查。完成后，做蓄水实验。根据项目现场不同的环境气候，集装箱制造商在用于保温的保温材料上会有一定的差异。集装箱制造商设计的集装箱房的墙壁/天花板一般会用欧洲松木板、石膏板、水泥纤维板、聚合物组装板、铝合金雕花板、防腐木等进行装饰。
2、防水涂层。
以“一布二涂”为例：基层清理后刷一遍涂料，晾干成膜，铺一层玻璃纤维布基体增强材料，在平整的表面刷一层涂料固定。集装箱生产厂家在干燥后提醒下一步屋面防水施工。容器内喷涂聚氨酯泡沫，安装玻璃岩棉板，防潮、防腐、防热、隔音。南方室内装空调，北方装地暖；信誉好的集装箱制造商强烈建议外层覆盖装饰材料，如欧洲松木板、石膏板、水泥纤维板、聚合物组装板等。
3、铺设刚性防水层。
专业集装箱生产厂家表示，施工应在第一层柔性防水层完成后两天左右进行。基本材料为高级脂肪酸砂浆防水剂、水泥、砂、细石骨料、纤维，防水层的厚度应根据容器厂家的要求。为了满足墙壁和天花板的防火隔热要求，集装箱生产厂家建议室内装修采用厚度达标的玻璃岩棉夹芯板。
根据集装箱生产厂家的说法，一些楼层较高的集装箱房可能会增加多层彩钢板或铝板，以达到挡风防水的效果。具体的外防水方法需要根据安装在顶部的结构龙骨来确定，但是大多数厂家都会在每个保护层外面涂上胶水，可以有效的防止紫外线，避免漏水。
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